對有潔凈等級要求的正壓實驗室、回風與經過集中處理的新風混合后進入空調機組的潔凈實驗室，機組內設中效過濾，房間送風口設效率高送風口，回風口處設空氣阻尼層，氣流組織采用上送側回；通過調節回風阻尼層阻力調節回風量，以實現對潔凈室的正壓控制。在機組新風入口處設電動風閥，與潔凈空調機組聯鎖。潔凈實驗室規劃設計中的送風量通過緩沖間壓出，在緩沖間外的實驗室房間常配有通風柜排風和房間排風，符合各房間的壓力梯度要求。
　　對有潔凈等級要求的負壓實驗室，如動科院寄生蟲實驗室的細胞培養室，既要保持潔凈，又要保持負壓。送入潔凈間的風量為此房間排風量的70%~80%，并加定風量閥鎖定送風量。排風機與空調機聯鎖運行，排風口處加定風量閥，以符合實驗室規劃設計中的壓力梯度要求。另外，與正壓實驗室不同的是負壓潔凈實驗室外的房間內仍要保持為同潔凈等級，因此潔凈空調其余20%~30%的風量送至實驗室輔助房間、非實驗區域，使氣流流向從安全區到產生危險物質的實驗房間，既不讓污染源不泄漏，又保持了實驗室的潔凈等級。